甲马铜多金属矿床位于冈底斯岛弧构造带甲马弧内沉积盆地内，它呈层状、似层状展布于该盆地中的多底沟组礁灰岩（J3d)与林布宗组砂板岩（K1l)之间的过渡带内，并严格受地层层位的控制。其含矿岩石为热水交代夕卡岩和与矿床有密切成因关系的热水沉积岩（透辉石－斜长石岩），。通过容矿岩石和矿床的同位素，稀土元素、矿物包裹体成分等示踪研究，认为矿床的成矿金属物质来自盆地基底－弧火山岩，成矿流体来自古海底热水循环系统，硫来自地层中的生物硫；水－岩反应（交代）是成矿重要机制，故该矿床系古海底热水交代成因，属与古海底热水循环系统有关的一种独特的热水交代型夕卡岩矿床。